JABATAN AKAUNTAN NEGARA MALAYSIA CAWANGAN KENINGAU mula ditubuhkan pada tahun 1980. Ditempatkan disebuah bangunan zaman British iaitu bekas bangunan lama Bendahari Negeri. Pada bulan Mei 1980 dengan kekuatan kakitangan seramai 14 orang. Jabatan Akauntan Negara Malaysia Cawangan Keningau mula beroperasi dengan cek pertama dikeluarkan pada 01.06.1980. Setelah beroperasi selama dua tahun di pejabat zaman British, pada tahun 1982 pejabat ini berpindah ke Pejabat Kelab Belia berhampiran dengan Bangunan Perpustakaan selama 10 tahun. Pada 1992 sekali lagi pejabat ini berpindan ke Bangunan Persekutuan sehingga kini dan pada masa itu terdapat 16 orang kakitangan berbanding sekarang terdapat seramai 29 orang kakitangan. Jabatan akauntan Negara Malaysia Cawangan Keningau telah beroperasi selama 32 tahun dan terdapat seramai 13 orang pengarah menerajuinya:-